Dependendo da complexidade da aprovação a Secretaria de Licenciamento e Desenvolvimento vai requerer a anuência de demais órgãos, neste caso será necessário o protocolamento em outras Secretárias, no qual a aprovação na SEL vai depender de todas as aprovações:
Secretária do Verde e do Meio Ambiente (DEPAVE) – quando existe a necessidade de corte ou transplante de árvores

Secretária dos Transportes (SMT) – Quando o empreendimento é considerado um polo gerador de tráfegos e a aprovação exige uma certidão de diretrizes e obras de mitigação do impacto do trânsito.

Secretária de Cultura ( CONDEPHAT) – Quando envolve um bem tombado ou quando o imóvel se encontra no seu entorno. Alguns imóveis também possuem tombamento Estadual ( CONDEPHAT ) ou Federal ( IPHAN).
CETESB – Quando envolve um imóvel contaminado.